Министерство образования и науки РФ составило список высших учебных заведений, деятельность которых не соответствует требованиям качества и эффективности. В данный список вошли некоторые вузы и филиалы вузов Ярославской области: Ярославская государственная сельскохозяйственная академия, Ярославский государственный педагогический университет им. К. Д. Ушинского и Ярославский государственный технический университет. Некачественной признана работа следующих филиалов вузов: филиал Российского государственного гуманитарного университета в Ярославле, Рыбинский филиал Российской академии народного хозяйства и государственной службы при Президенте Российской Федерации, филиал Московского государственного университета приборостроения и информатики в городе Угличе, а также еще четыре филиала.
Следует отметить, что тщательный мониторинг вузов проводился Министерством образования и науки России по пяти критериям, среди которых не только успеваемость и количество научных работ, но и уровень развития инфраструктуры.